Những người khởi xướng gia nhập Tổ chức bí mật này đã gây ra tranh cãi và ồn ào khi được hỏi về việc họ gia nhập. Nhà kinh tế học Austan Goolsbee từ chối trả lời các câu hỏi khi được hỏi về việc gia nhập và việc tổ chức một cuộc họp của những người đồng tu vào The Order vào năm 1991 bên trong Nhà Trắng.[58][59]

Vào ngày 17 tháng 8 năm 2000, một cuộc phỏng vấn với Tổng thống George W. Bush gây ra tranh cãi liên quan đến việc ông bắt đầu nhập Skull & Bones. Tạp chí Time đã hỏi liệu Tổng thống có gặp rắc rối gì không khi ông ấy bắt đầu vào Hội trong khi còn là một thanh niên. Tổng thống Bush trả lời: "Không hề e ngại. Tôi đã rất vinh dự."[60]

Trong chiến dịch tranh cử Tổng thống Hoa Kỳ thứ 43 vào ngày 2 tháng 8 năm 2004, nhà báo kiêm luật sư Tim Russert trên chương trình truyền hình Meet The Press đã hỏi cả Tổng thống Bush và John Kerry về tư cách thành viên của họ trong Hội nhóm Skull & Bones, và sau đó Tổng thống đã trả lời: "Nó quá bí mật, chúng tôi không thể nói về nó.", cũng như John Kerry trả lời rằng "Bạn đang cố gắng để tống khứ tôi khỏi đây ư?".[61][62]